On olemassa myös vaihtoehto, mikäli kamppailet komentorivin kanssa Windowsissa käyttääksesi ffmpeg2theoraa. On olemassa graafinen käyttöliittymä, jonka avulla voit napsautella nappeja ja rastittaa laatikoita. Sitä kutsutaan Super Encoderiksi ja sen käyttöopas on täällä. Kuitenkin, jos seuraat alla olevia ohjeita, voit käyttää kaikkia työkaluja tehokkaammin.
Käyttääksesi komentoriviä Windowsissa, napsauta Start-nappia ruutusi vasemmassa alanurkassa ja valitse Run-vaihtoehto.
Kirjoita sitten cmd ikkunaan, joka ilmestyy..
Sinun pitäisi nähdä mustan laatikon ilmestyvän. Olet nyt komentorivillä! Tätä kutsutaan komentokehotteeksi, näet myös välkkyvän kursorin. Komentokehote kertoo missä hakemistossa olet.
Ensin meidän täytyy muuttaa hakemistoksi c:/ffmpeg2theora -hakemisto. Oletamme, että tallensit ffmpeg2theora.exe-tiedoston kyseiseen hakemistoon.
Tehdäksesi tämän joudut menemään ylöspäin pari hakemistoa kirjoittamalla komennon cd .. ja painamalla rivinvaihtoa. Tee tämä uudestaan, kunnes komentorivillä lukee C:. 
Nyt voit siirtyä siihen hakemistoon, jossa ffmpeg2theora.exe -tiedosto on. Tässä tapauksessa kirjoita komento:
cd ffmpeg2theora
Voimme nyt kirjoittaa komentoja, joilla enkoodataan videotiedostoja.
Saadaksesi lähdetiedoston valmiiksi enkoodausta varten helpointa on siirtää se hakemistoon C:/ffmpeg2theora.
Jos oletamme, että lähdetiedoston nimi on lähde_testi.avi, yksinkertaisin tapa luoda OGG-tiedosto on seuraavan komennon kirjoittaminen:
ffmpeg2theora -o kohde_testi.ogg lähde_testi.dv