Alchemyssä on pää- eli ydinsovellus, jonka lisäksi on sarja erillisiä lisäosamoduuleja, jotka on ladattu käynnistyksen yhteydessä. Jokainen Alchemyn moduuleista tekee tietyn ja erilaisen toiminnon, jotka edustavat Alchemyn itsensä päätoiminnallisuuksia. Moduulit määrittelevät luodun muodon ja kuinka tuota muotoa muutetaan piirtäessäsi. Moduulit on jaettu kahteen eri ryhmään:
- Luomismoduulit tuottavat muotoja, ja niitä voidaan käyttää yhtä kerrallaan.
- Muuttamismoduulit muuttavat olemassaolevia muotoja, ja useampaa kuin yhtä voidaan käyttää kerrallaan.
Moduuleja voidaan valita käyttämällä Create (luo) ja Affect (muuta) -nappeja työkalupalkissa. Kun napsautat yhtä näistä napeista, valikko ilmestyy kuten tässä:
Tässä listattuna ovat kaikki nykyisin asennetut luomismoduulit vasemmalla ja muokkausmoduulit oikealla.